Jmol
mol_logo_2013.svg){kind=logo} | |
 Streptavidin'in Jmol üç boyutlu yapısının oluşturulması | |
| Geliştirici (ler) | Jmol geliştirme ekibi |
|---|---|
| İlk sürüm | 2001 |
| Kararlı sürüm | 14.6.4 (15 Ekim 2016 ) [±] |
| Önizleme sürümü | 14.5.0 (12 Ağustos 2000 ) [±] |
| Depo | sourceforge |
| Yazılmış | Java |
| İşletim sistemi | Çapraz platform |
| Platform | Java içermeyen Java ve Web tarayıcılı sistemler |
| Uygun | 16 dil |
Dil listesi Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca [1] | |
| Tür | Moleküler modelleme |
| Lisans | LGPL 2.0 |
| İnternet sitesi | www |
Jmol bilgisayar programı için moleküler modelleme kimyasal yapılar içinde 3 boyutlu . [2] Jmol , bir öğretim aracı olarak [3] veya örneğin kimya ve biyokimyada araştırma için kullanılabilen bir molekülün 3B temsilini döndürür . Java programlama dilinde yazılmıştır , bu nedenle Java kuruluysa Windows , macOS , Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir . Bu edilir ücretsiz ve açık kaynak yazılım a altında yayınlananGNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0. Bioclipse ve Taverna gibi diğer Java uygulamalarına entegre edilebilen bağımsız bir uygulama ve bir yazılım geliştirme kiti (SDK) mevcuttur .
Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin, moleküller olarak görüntülenebilir top ve sopa modelleri , boşluk doldurucu modelleri , kurdele şemaları vs. [4] Jmol geniş bir yelpazede destekler kimyasal dosya biçimleri de dahil olmak üzere, Protein Veri Bankası (pdb), Kristalografik Bilgi Dosyası ( cif), MDL Molfile (mol) ve Kimyasal İşaretleme Dili (CML). Ayrıca Java içermeyen bilgisayarlarda kullanılabilen yalnızca JavaScript ( HTML5 ) sürümü JSmol de vardır. [5]
Jmol uygulaması, diğer yeteneklerin yanı sıra, artık aktif geliştirme altında olmayan Chime eklentisine [3] bir alternatif sunar . Jmol, Chime'ın sahip olmadığı birçok özelliğe sahip olsa da, tüm Chime işlevlerini, en önemlisi Heykel modunu yeniden üretme iddiasında değildir . Chime gerektirir eklenti kurulumu ve Internet Explorer 6.0 veya Firefox 2.0 üzerinde Microsoft Windows veya Netscape Communicator üzerinde 4.8 Mac OS 9 . Jmol, Java kurulumunu gerektirir ve çok çeşitli platformlarda çalışır. Örneğin, Jmol, Mozilla Firefox'ta tamamen işlevseldir ,Internet Explorer , Opera , Google Chrome ve Safari .
Ekran görüntüleri [ düzenle ]
Pyrococcus furiosus'tan bir H / ACA kutusu RNP'nin kristal yapısı .
Hemoglobin tetramerinde iki tuz köprüsünün vurgulanması (hemo grubu sağ altta çubuklar olarak).
Üç ardışık çinko parmak motifi oluşturan, bir DNA uzantısına bağlanan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası.
Thermus thermophilus'tan Eubacterial 70S Ribozom .
Ayrıca bkz. [ Düzenle ]
- Kimya Geliştirme Kiti (CDK)
- Moleküler mekanik modelleme için yazılımın karşılaştırılması
- Ücretsiz ve açık kaynaklı yazılım paketlerinin listesi
- Moleküler grafik sistemlerinin listesi
- Moleküler grafikler
- Molekül düzenleyici
- Proteopedia
- PyMOL
- SAMSON
- GÜLÜMSEME
Referanslar [ düzenle ]
- ^ Jmol çevirileri
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Grafik Yazılım Araçlarına Kılavuz , s. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ a b Herráez, A (2006), "Bilgisayardaki Biyomoleküller: Kurtarmaya Jmol" , Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Eğitimi , 34 (4): 255–61, doi : 10.1002 / bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687 , S2CID 36319720
- ^ Herráez, A (2007), Lulu (ed.), Jmol Moleküler Yapıları İncelemek ve Sunmak İçin Nasıl Kullanılır, Cilt 1 , s. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ "JSmol" . Arşivlenmiş orijinal 2018-01-01 tarihinde . Erişim tarihi: 2015-11-02 .
Dış bağlantılar [ düzenle ]
 | Wikimedia Commons, Jmol ile ilgili medyaya sahiptir . |
- Resmi internet sitesi
- Wiki listeleri ile web siteleri , wiki ve moodles
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Haziran 2007). "Java3D'siz Web Tarayıcılarında Hızlı ve Script Edilebilir Moleküler Grafikler" . Doğa Öncülleri . doi : 10.1038 / npre.2007.50.1 .
- MediaWiki için Jmol uzantısı