ChEBI

Biyolojik Önem Arz Eden Kimyasal Varlıklar (ChEBI)
İçerik
Açıklama	Kimyasal veritabanı
; Yakalanan veri türleri	Küçük kimyasal bileşikler
İletişim
Araştırma Merkezi	Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı
Laboratuvar	Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü
Birincil alıntı	de Matos ve diğerleri
Giriş
İnternet sitesi	www .ebi .ac .uk / chebi
URL'yi indir	ftp .ebi .ac .uk / pub / veritabanları / chebi
Web hizmeti URL'si	www .ebi .ac .uk / chebi / webServices .do
Sparql uç noktası	BIO2RDF
Araçlar
ağ	www .ebi .ac .uk / chebi
Çeşitli
Veri yayınlama ; sıklığı	aylık
Kürasyon politikası	Manuel olarak seçilmiş

Biyolojik İlgi kimyasal yapılar olarak da bilinen, Chebi , ^[1]^[2] a, kimyasal veri tabanı ve ontolojisinin arasında moleküler varlıkların bunun bir parçası, 'küçük' kimyasal bileşikler üzerinde odaklanmıştır Açık Biyomedikal Ontolojiler de (OBO) çaba Avrupa Biyoinformatik Enstitü (EBI). "Moleküler varlık" terimi, herhangi bir "yapısal veya izotopik olarak farklı atom , molekül , iyon , iyon çifti , radikal , radikal iyon , kompleks , konformer, Ayrı olarak ayırt edilebilir bir varlık" olarak tanımlanabilir. Vb ^[3] Söz konusu moleküler varlıklar potansiyel biyo sahip doğa veya sentetik ürünler, ya ürünleridir. Moleküller doğrudan genomu tarafından kodlanan, örneğin nükleik asitler , proteinler ve peptidler elde edilen proteolitik bölünme ile proteinler , kural olarak ChEBI'ye dahil edilmez.

ChEBI , Uluslararası Saf ve Uygulamalı Kimya Birliği (IUPAC) ve Uluslararası Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Birliği (NC-IUBMB) adlandırma komitesi tarafından onaylanan isimlendirme , sembolizm ve terminolojiyi kullanır .

Kapsam ve erişim [ düzenle ]

Veritabanındaki tüm veriler tescilli değildir veya tescilli olmayan bir kaynaktan türetilmiştir. Bu nedenle ücretsiz olarak erişilebilir ve herkes tarafından kullanılabilir. Ek olarak, her bir veri öğesi tamamen izlenebilirdir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. ChEMBL , ChemSpider , DrugBank , MetaboLights ve PubChem gibi diğer veritabanları kapsamında ilgilidir .

ChEBI verileri halka açık bir web uygulaması , web hizmetleri , SPARQL uç noktası ve indirmeler aracılığıyla kullanılabilir. ^[1]^[2]

Referanslar [ düzenle ]

^ a b c de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). "Biyolojik Önem Arz Eden Kimyasal Varlıklar: bir güncelleme" . Nükleik Asitler Araştırması . 38 (Veritabanı sorunu): D249-54. doi : 10.1093 / nar / gkp886 . PMC 2808869 . PMID 19854951 .
^ a b Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: biyolojik ilgi alanına giren kimyasal varlıklar için bir veritabanı ve ontoloji" . Nükleik Asitler Araştırması . 36 (Veritabanı sorunu): D344-50. doi : 10.1093 / nar / gkm791 . PMC 2238832 . PMID 17932057 .
^ IUPAC , Kimyasal Terminoloji Özeti , 2. baskı. ("Altın Kitap") (1997). Çevrimiçi düzeltilmiş versiyon: (2006–) " moleküler varlık ". doi : 10.1351 / goldbook.M03986

[pmid19854951-1] Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). "Biyolojik Önem Arz Eden Kimyasal Varlıklar: bir güncelleme" . Nükleik Asitler Araştırması . 38 (Veritabanı sorunu): D249-54. doi : 10.1093 / nar / gkp886 . PMC 2808869 . PMID 19854951 .

[pmid17932057-2] Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: biyolojik ilgi alanına giren kimyasal varlıklar için bir veritabanı ve ontoloji" . Nükleik Asitler Araştırması . 36 (Veritabanı sorunu): D344-50. doi : 10.1093 / nar / gkm791 . PMC 2238832 . PMID 17932057 .

[3] IUPAC , Kimyasal Terminoloji Özeti , 2. baskı. ("Altın Kitap") (1997). Çevrimiçi düzeltilmiş versiyon: (2006–) " moleküler varlık ". doi : 10.1351 / goldbook.M03986

[1]

[2]